Từ năm 1995, cùng với việc Việt Nam trở thành thành viên chính thức của ASEAN, Hải quan Việt Nam đã tham gia tích cực, chủ động và có nhiều đóng góp quan trọng trên lĩnh vực hợp tác hải quan và các lĩnh vực hợp tác kinh tế khác có liên quan đến hải quan của ASEAN.